2021-09-09 （自学笔记）关于序列比对的知识_用embl双序列比对工具对下列两条序列作两次全局比对(needle算法),第一次设置gap o

作者：运维做开发 | 2024-08-20 13:33:35

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用embl双序列比对工具对下列两条序列作两次全局比对(needle算法),第一次设置gap o

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常用的序列比对矩阵：
PAM-n：亲缘关系较近的序列之间比对
BLOSUM：远近都可以
最常用的是 BLOSUM-62

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序列比对算法
1.双序列全局比对算法
在这里插入图片描述

斜向表示字母对应字母；
横向表示字母对应空格。

2.双序列局部比对算法
在这里插入图片描述

斜向表示字母对应字母；
横向表示字母对应空格。

亿点点小插曲= =
我看了整整一天半了，问了学长才终于明白 read mapping和Sequence Alignment 一样都是序列比对嘛= =

and

所说的seed 种子原来指的是把read分割出来的小部分= =
这一天半感觉自己真的好菜啊啊啊啊啊 = =还要加油

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在这里插入图片描述
EMBL 全局双序列比对工具

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