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conda配置R虚拟环境及导入R包_conda创建r环境命令

conda创建r环境命令

conda可用于包管理与核心管理,允许用户方便在不同版本、不同环境中相互转化。适合在超算平台上使用。

配置方法

有俩种。

其中一种是手动配置环境(小白更容易接受);

另外一种是通过环境文件创建conda虚拟环境(这个更方便分享)

下载conda

linux版本:

  1. #下载conda
  2. wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
  3. #安装conda
  4. bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
  5. #赋权限 并执行
  6. chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  7. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

配置镜像

  1. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  2. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  3. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  4. conda config --set show_channel_urls yes
  5. conda config --show

基本环境管理

  1. conda info --envs # 查看环境
  2. conda create -n myenv # 创建一个myenv的环境
  3. source activate myenv # 激活进入 myenv环境
  4. conda deactivate # 退出当前环境
  5. conda env remove --name myenv # 移除环境
  6. conda uninstall xxx //卸载xxx包

安装软件

  1. #以搜索R软件为例,查看是否存在以及版本
  2. conda search R
  3. conda info # 查看默认环境和缓存默认路径
  4. conda info --envs # 查看环境种类
  5. conda create -n R4.1.2 r-base=4.1.2 # 创建名为R4.1.2的环境(包含R4.1.2版本的环境)
  6. source activate R4.1.2
  7. conda list # 查看当前安装的软件
  8. conda install r-base=4.1.2 # 安装R语言
  9. conda install r-string # R包 以 r- 开头
  10. conda deactivate # 退出当前环境

导入Seurat包

conda install r-seurat=4.0.0 -y

source activate 环境后,再打开R,通过library()验证一下。

导入SeuratData包,直接使用install.package()导入失败。

  1. #导入SeuratData包
  2. install.package("remotes")
  3. remotes::install_github("satijalab/seurat-data")
  4. library(SeuratData)

法②:通过环境文件配置conda

环境文件(environment.yml):在conda中安装一个老版本bwa,每个包都按照package=version来构建,

  1. name: bwa_old
  2. channels:
  3. - bioconda
  4. dependencies:
  5. - bwa=0.7.15

操作

  1. wget https://raw.githubusercontent.com/davetang/reproducible_bioinformatics/master/environment.yml
  2. conda env create --file environment.yml #创建
  3. conda activate bwa_old #激活

更新:

迁移已配置环境至新环境中

首先导出环境文件environment.yml

  1. # 在已配置环境中导出配置文件
  2. conda env export > environment.yml
  3. # -n 新环境中的环境名;-f 之前导出的配置文件
  4. conda env create -n seurat4 -f environment.yml
  1. # 查询相关版本的信息
  2. conda search r-rcpp=1.0.7 --info

参考:

SeuratData包无法安装的解决办法_m0_62585245的博客-CSDN博客

conda 基于python3.8安装R语言4+Seurat4_黄树茂博客-CSDN博客_conda 安装r语言
Introduction to Conda

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