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conda可用于包管理与核心管理,允许用户方便在不同版本、不同环境中相互转化。适合在超算平台上使用。
有俩种。
其中一种是手动配置环境(小白更容易接受);
另外一种是通过环境文件创建conda虚拟环境(这个更方便分享)
linux版本:
- #下载conda
- wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
-
- #安装conda
- bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
-
- #赋权限 并执行
- chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
- conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
- conda config --set show_channel_urls yes
- conda config --show
- conda info --envs # 查看环境
-
- conda create -n myenv # 创建一个myenv的环境
-
- source activate myenv # 激活进入 myenv环境
-
- conda deactivate # 退出当前环境
-
- conda env remove --name myenv # 移除环境
-
- conda uninstall xxx //卸载xxx包
- #以搜索R软件为例,查看是否存在以及版本
- conda search R
-
- conda info # 查看默认环境和缓存默认路径
- conda info --envs # 查看环境种类
- conda create -n R4.1.2 r-base=4.1.2 # 创建名为R4.1.2的环境(包含R4.1.2版本的环境)
- source activate R4.1.2
- conda list # 查看当前安装的软件
- conda install r-base=4.1.2 # 安装R语言
- conda install r-string # R包 以 r- 开头
- conda deactivate # 退出当前环境
conda install r-seurat=4.0.0 -y
source activate 环境后,再打开R,通过library()验证一下。
导入SeuratData包,直接使用install.package()导入失败。
- #导入SeuratData包
- install.package("remotes")
- remotes::install_github("satijalab/seurat-data")
- library(SeuratData)
环境文件(environment.yml
):在conda中安装一个老版本bwa,每个包都按照package=version来构建,
- name: bwa_old
- channels:
- - bioconda
- dependencies:
- - bwa=0.7.15
操作
- wget https://raw.githubusercontent.com/davetang/reproducible_bioinformatics/master/environment.yml
-
- conda env create --file environment.yml #创建
-
- conda activate bwa_old #激活
首先导出环境文件environment.yml
- # 在已配置环境中导出配置文件
- conda env export > environment.yml
-
- # -n 新环境中的环境名;-f 之前导出的配置文件
- conda env create -n seurat4 -f environment.yml
- # 查询相关版本的信息
- conda search r-rcpp=1.0.7 --info
参考:
SeuratData包无法安装的解决办法_m0_62585245的博客-CSDN博客
conda 基于python3.8安装R语言4+Seurat4_黄树茂博客-CSDN博客_conda 安装r语言
Introduction to Conda
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