CADD课程学习（7）-- 模拟靶点和小分子相互作用 （半柔性对接 AutoDock）_sybyl和autodock区别

CADD课程学习（7）-- 模拟靶点和小分子相互作用（AutoDock）

概念：
分子对接是通过研究配体小分子和受体生物大分子的相互作用，预测其亲和力，实现基于结构的药物设计的一种重要方法。

理论基础：
分子对接的最初思想起源于Fisher E提出的“锁和钥匙模型”，即受体与配体相互识别的首要条件是空间结构的匹配。

分子对接原理
根据几何匹配和能量匹配，寻找两个分子之间最佳相互作用模式

Receptor: enzyme, ion channel, antibody……
Ligand: drug, peptide, antigen, polysaccharide…
Receptor-Ligand Interactions:
electrostatic interaction, hydrogen bond, hydrophobic interaction

对接软件

• 不同体系不同结果；
• DS（LigandFit），SYBYL（flexx，surflex），AutoDock结果相差不大
• Autodock表现较好，且免费开源，可放心使用
  测试集：1300 protein-ligands complexes from PDBbind database

分子对接一般过程

原理：配体与受体结合时，彼此存在静电相互作用、氢键相互作用、范德华力相互作用和疏水作用力。配体与受体结合必须满足互相匹配原则，即配体与受体几何形状互补匹配、静电相互作用互补匹配、氢键相互作用互补匹配、疏水相互作用互补匹配。<