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成分—靶点网络构建_成分靶点网络图

成分靶点网络图

目录:

1.准备好网络文件

2.准备好属性文件(放同个xlsx也无所谓)

3.导入Cytoscape软件(开源)

1.网络文件:

将多个成分(mol_ID)和对应的靶点(gene symbol)汇总成一个表(如下图)。

研究多肽,成分就是多肽序列,靶点是SwissTargetPrediction里预测到的靶点。

2.属性文件:

一个表格,一列是条目,一列是条目对应的属性(如下图)

成分和基因去重后放进Term列,在Type列里输入属性。

3.导入cytoscape:

①将网络文件导入cytoscape:

 点击导入表格图标(框①),选择网络文件的sheet(框②),将成分定义为节点(箭头③),将基因定义为靶点(箭头④)

②将属性文件导入cytoscape:

 点击导入表格图标(框①),选择属性数据所在的sheet(框②),最后确定。

效果是右下窗口会多出属性列。

③调整和保存:

调一调吧,调调布局(Layout),进行选中(Filter),进行颜色,形状,大小的调整(Style)

算调整好的成分(多肽)—靶点(基因)网络图:

 如下图是文献里出现的成分—靶点网络图:

 

 成分(橙色块)是三个肽段(P1、P2、P3),靶点(蓝色块)是对应的能作用的基因名(Symbol)。

参考视频:

中药复方网络药理学:6. 单味中药成分及靶点网络构建_哔哩哔哩_bilibili

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