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Linux 配置 GWAS环境遇到问题及解决方案_如何创建gwas环境

如何创建gwas环境
  1. 安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

查看conda 版本

conda -V

  1. 创建虚拟环境

conda activate -n [环境名]

如上图中Linux提示:

激活虚拟环境:conda activate [环境名] || source acitvate [环境名]

退出虚拟环境:conda deactivate

  1. 安装plink

在这里我遇到了一些问题,当前源没有plink

添加源:

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels defaults

conda config --add channels r

conda config --add channels bioconda

——————————————————————————————————————————

以下是错误示范,备选方案

于是我添加了清华源,出现了新问题:我的账号权限不足

可以为用户或者仅针对上面的问题,为用户授权miniconda3的读写权限

找到miniconda3的文件位置,然后键入命令

sudo chown -R [用户名] [miniconda3的路径]

或者 提权,加入sudo组:

sudo usermod -a -G [要加入的用户组,这里是sudo] [要提权的用户名]

但依然出现了源中没有plink的问题:

所以我换了一种方案安装plink

在plink官网下载对应版本的plink安装包,传输到服务器,进行安装

https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/

解压zip文件:unzip -d [创建新的目录] [压缩包名]

安装plink

sudo apt install plink

安装成功

  1. 安装tassel

conda install tassel

  1. 安装R

conda install R

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